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Né à Dijon, Dominique Pitoiset y suit d'abord l'École Nationale des Beaux-Arts. Après des études en Architecture, puis en Arts Plastiques, il rejoint l'École Supérieure d'Art Dramatique du Théâtre National de Strasbourg où il dirige parallèlement le Théâtre universitaire. Dès sa sortie, en 1981, il devient l'assistant de Jean-Pierre Vincent pour Les Corbeaux, de Henri Becque à la Comédie-Française, puis en 1982 celui de Manfred Karge et Matthias Langhoff pour La Cerisaie de Tchekhov à la Comédie de Genève et pour Le Prince de Hombourg de Kleist au Théâtre National Populaire. En 1983, il constitue l'association "En attendant", qui devient en 1988 la Compagnie Pitoiset.

Se succèdent alors de nombreuses mises en scène.
1986 Comédienne d'un certain âge pour jouer la femme de Dostoïevski d'Edward Radzjinski au Festival de Semur-en-Auxois et au Nouveau Théâtre de Poche de Genève,
1988 Le Pélican, d'August Strindberg, au Nouveau Théâtre de Poche de Genève,
1990 Le Misanthrope de Molière, au Centre dramatique National de Bourgogne,
1991 Timon d'Athènes de Shakespeare, à la Maison de la Culture de Chambéry et au Théâtre Athénée Louis Jouvet à Paris,
1993 Faust, version UrFaust de Goethe, au Quartz de Brest et au Théâtre Athénée Louis Jouvet à Paris. Il obtient alors le Prix de la Villa Medicis hors les murs pour Faust et séjourne une année en Italie, en partie aux côtés de Luca Ronconi.
1994 Oblomov de Gontcharov, au Théâtre de Vidy et à la MC93 de Bobigny,
1995 La Dispute de Marivaux, au Théâtre National de Bretagne à Rennes et Les Noces de Figaro, de Mozart, à l'Opéra de Lausanne.
1996 Il est nommé Directeur du Théâtre National Dijon Bourgogne, en fusionnant le Centre Dramatique National de Bourgogne et le Festival Théâtre en Mai, devenu Rencontres Internationales de Metteurs en scène, où il invite le meilleur de la nouvelle génération internationale à Dijon. Le Procès d'après Kafka, au Festival d'Avignon et au Théâtre de la Ville à Paris,
1997 La Nuit juste avant les forêts de Bernard-Marie Koltès, au Théâtre National Dijon Bourgogne.
1998 Les Brigands de Schiller, au Théâtre de la Ville à Paris et Le Réformateur de Thomas Bernhard, au Théâtre National Dijon Bourgogne.
1999 Don Giovanni de Mozart, à l'Opéra National de Paris Bastille.
2000 Il est nommé directeur du Théâtre National de Chaillot avant qu'un changement ministériel n'invalide cette nomination. Il fonde alors la société Actes Premiers.
2001 Trilogie Shakespeare : Othello au Théâtre National de Bretagne et au Théâtre National de Chaillot, La Tempesta, au Teatro Farnese di Parma pour le Teatro Due, Macbeth opéra de Verdi au Teatro Regio di Parma - Festival Verdi.
2003 Retour en France avec La Tempête de Shakespeare coproduit par Les Gémeaux à Sceaux, le TNP à Villeurbanne et la Maison de la Culture de Loire Atlantique.

En janvier 2004, il prend la direction du Théâtre national de Bordeaux en Aquitaine - TnBA, rejoint par Richard Coconnier, co-directeur.
Outre sa mise en scène de Tartuffe reprise en octobre 2004, Dominique Pitoiset signe deux mises en scène en 2005, La Peau de chagrin (du 18 au 29 janvier 2005) et Albert et la bombe (du 1er au 11 juin 2005), son premier spectacle pour enfants.
En janvier 2006, il boucle son cycle shakespearien en s'attelant à nouveau à la mise en scène de La Tempête. Pour ce faire, il embarque avec lui un tout nouvel équipage, français, italien, tunisien, allemand, dont Roland Bertin prend la tête avec panache.
En octobre 2006, il présente sa mise en scène de l'œuvre de Biljana Srbljanovic, Sauterelles au TnBA. Puis reprend La Tempête, en mars 2007, et renoue avec les planches en incarnant le rôle de Prospero. Ces deux spectacles partent ensuite pour une tournée qui les mènera respectivement au Théâtre de la Ville (Paris) et à l'Odéon-Théâtre de l'Europe (Paris).
En septembre 2007 Ouverture de l'éstba (école supérieure de théâtre de Bordeaux en Aquitaine) placée sous la direction de Dominique Pitoiset.
En mars 2008, il met en scène avec Stephen Taylor Didon et Enée à l'Opéra national de Paris.
En mai 2008, il crée à Bordeaux au TnBA Le Soleil ni la mort ne peuvent se regarder en face, commande d'écriture à l'auteur libanais contemporain Wajdi Mouawad, qui sera présenté à l'automne 2008 au Théâtre de la Ville à Paris.
Le Soleil ni la mort… est recréé dans une version allemande en octobre 2008, à la Schaübuhne de Berlin, dans le cadre du Festival FIND-CulturesFrance.
Novembre 2008 Dominique Pitoiset signe la mise en scène du Tour d'écrou, opéra de Benjamin Britten, d'après la nouvelle d'Henry James. Le spectacle est présenté à l'Opéra National de Bordeaux dans le cadre du festival Novart.
En mars 2009, Qui a peur de Virginia Woolf ?  d’Edward Albee inaugure le cycle qu’il consacre au théâtre nord-américain, repris en tournée en 2010-2011. Le deuxième volet de ce cycle, Mort d’un commis voyageur, est créé au TnBA en mars 2010 et repartira en tournée sur la saison 11/12.
En juin 2011, il met en scène pour le Ruhrfestspliele à Recklinghausen, Cyrano de Bergerac d’Edmond Rostand, repris au Schauspielehaus d’Hamburg en octobre 2011.
En novembre 2011, Dominique Pitoiset crée au TnBA Le maître des Marionnettes, une coproduction avec le Théâtre National du Vietnam, rendant ainsi hommage à la tradition des marionnettes sur l’eau. Cette création est suivie d’une importante tournée dont le Musée du Quai Branly à Paris.
Pour l’opéra, il met en scène avec Stephen Taylor : L’Isola disabitata de Josef Haydn pour l’Atelier Lyrique de l’Opéra de Paris (2005), Didon et Enée d’Henry Purcell pour l’Atelier Lyrique de l’Opéra de Paris (2008), Le Tour d’écrou de Benjamin Britten à l’Opéra National de Bordeaux (2009), La Bohème de Puccini au Théâtre du Capitole à Toulouse (2010). En mai 2011, il crée pour l’Atelier Lyrique de l’Opéra de Paris, Orphée et Eurydice de Gluck, repris en mai 2012 à Bordeaux par le TnBA et l’Opéra National de Bordeaux.

Dominique Pitoiset dirige l’éstba, l’école supérieure de théâtre de Bordeaux, qui a ouvert ses portes en septembre 2007.

Subventionnée par le Ministre de la Culture et de la Communication, la Région Aquitaine et la Ville de Bordeaux, l'éstba propose une formation sur trois années au métier de comédien. L'école est signataire de la plateforme de l'enseignement supérieur d'art dramatique et habilitée par le ministère de la Culture depuis 2008 à délivrer la DNSPC (diplôme national supérieur professionnel de comédien).

En mai 2010, Dominique Pitoiset et Nadia Fabrizio dirigent les treize élèves de la première promotion dans leur spectacle de sortie d’études, Merlin ou la terre dévastée de Tankred Dorst.